寒山寺于1989年就着手进行档案建设工作，并于1994年10月正式成立寒山寺综合档案室。档案室现有办公区、阅档室、库房组成，面积约250平方米。并配置文书处理柜、文书档案、会计档案柜、电脑、扫描仪、空调、复印机、碎纸机、除湿器、吸尘器、灭火器等设备，并使用新标准软件（苏州市档案馆计算机中心档案管理软件）。库存量达一万多卷，现有专职人员4名，兼职人员16名，明确了由住持、监院和档案室负责人的三级管理制度，使档案工作落实到实处，工作运行自如，管理有序。

    自档案室建立以来，根据《归档文件整理规则》、《科学技术档案案卷构成的一般要求》、《会计档案管理办法》、《照片档案管理规范》，结合本寺档案工作的实际管理和利用，对本寺院形成的各种门类文件档案进行集中统一管理，并制定了寒山寺档案分类方案。共有16大类，即：文书档案(寒山寺、名人、寒山书院)、会计档案(寒山寺、服务部、慈善中心)、照片档案、专门档案(签名簿、匾额抱对、诗画、书法、拓片)、基建档案、设备档案、人事档案、商标档案、电子档案(录像、录音、光盘)、出版物、实物、荣誉档案。其中文书档案分为永久、30年和10年期限。将全寺十六个门类的案卷目录、全引目录、归档文件目录全部输入电脑并打印成册。归档目录实行双套制。全宗卷、收文登记、发文登记、汇编、专题汇编有档案利用效果登记薄、编制了档案利用典型事例。